Flaggermus er nattaktive dyr, noe som betyr at de er mest aktive etter mørkets innbrudd. Selv om enkelte arter av og til kan observeres ved gryning eller skumring, foretrekker de fleste flaggermus å holde seg på bakken om morgenen og kvelden. Flere sentrale forklaringer på denne atferden finnes.
Lave lysforhold
De fleste flaggermusarter har relativt dårlig syn og avhenger tungt av ekkolokasjon for å navigere og finne bytte. Under de lave lysforholdene tidlig på morgenen og sent på kvelden, blir visuell jakt vanskeligere, noe som gjør disse tidspunktene mindre gunstige for flyving.
Unngåelse av rovdy
Mange av flaggermusens naturlige fiender, inkludert rovfugler og slanger, er aktive om morgenen og kvelden. Ved å begrense aktiviteten til de mørkeste delene av natten, reduserer flaggermus sjansene for å bli fanget.
Konkurranse om mat
Ved gryning og skumring er mange andre dyr som fugler og insekter også aktive og konkurrerer om de samme fødekildene. Flaggermus finner det ofte enklere å søke føde når konkurransen er lavere.
Temperaturregulering
Fordi flaggermus er varmeblodete, må de opprettholde en stabil kroppstemperatur. Kjøligere morgen- og kveldsluft kan forårsake rask varmetap under flyving, så flaggermus venter typisk på varmere nattforhold før de tar til vingene.