Fluer puster gjennom et system av små hull, kalt spirakler, som befinner seg langs sidene av kroppene deres. Luften går inn i spiraklene og reiser gjennom et nettverk av små rør, kalt trakeer, som grener ut til ulike deler av kroppen. Oksygen diffunderer fra trakeene inn i flyens vev, mens karbondioksid diffunderer ut.
Dette respirasjonssystemet kalles et åpent trakealt system, og det er vanlig blant insekter. Spiraklene kan åpnes og lukkes, noe som lar fluen kontrollere strømmen av luft inn og ut av kroppen. Dette er viktig for å opprettholde en passende oksygenbalanse og for å forhindre vannfordamping.
Fluer har et høyt stoffskifte, og de krever mye oksygen for å støtte energibehovene sine. Det åpne trakeale systemet lar dem puste effektivt og opprettholde et høyt aktivitetsnivå.