De hovedårsakene til at havørner ble truett er:
- Jakt og skyting: I 1700- og 1800-tallet ble de ofte sett som trusler mot husdyr og landbruk og ble rutinemessig drept.
- Bruk av plantevernmidler: Utsprett bruk av DDT forårsaket at eggskall ble tunne og knuste lett, noe som førte til reproduktiv nedgang.
- Habitattap og ødeleggelse: Hogst, urbanisering og jordbruk ødela og forandret deres naturlige habitater.
Grunn av disse faktorene falt havørnbestanden drastisk, og arten ble klassifisert som truett i 1970-årene.