Ja, havørner har flere naturlige fiender, inkludert andre rovfugler, store rovpattedyr og noen reptiler. Steinørner, hubroer, hønsehauker og rødstjert hauker kan angripe havørner. Bjørner, ulver, gauper og pumaer kan jakte egg, unger eller voksne. Store slanger og alligatorer kan jakte egg og unger nær vann.
Likevel er menneskelig trusler som habitatforstyrrelse, jakt og forurensning betydelige. Vernarbeid og juridisk beskyttelse er avgjørende for å bevare havørnbestander.