Forurensning er en alvorlig trussel mot manater og deres habitater på flere måter:
Vannforurensning: Industriavfall, landbruksavrenning, og avløp forurenser de varme, grunne vannene der manater lever. Manater kan innta forurensningsstoffer mens deêter eller svømmer, noe som fører til forgiftning, sykdom, immunsystemskade, og reproduksjonsproblemer.
Habitatforringelse: Kystutbygging kan ødelegge estuarier, og forurensning kan drepe tangbeienger, som er vitale matkilder.
Klimaendringer: Økende havnivå kan flommer habitater, og havforsuring kan øke sykdomsmottagelighet.
Redusere forurensning er essensielt for å beskytte disse truede dyrene.