Miljømessig påvirkning
Marikultur kan skade miljøet gjennom fiskeavfall og spilt mat forurensning, habitatforringelse, smittespredning, konkurranse med viltfisk om mat og ressurser, og oppbygging av tungmetaller og andre giftstoffer.
Sykdomsutbrudd
Oppdrettsfiskanlegg er sårbare for sykdom. Vanlige problemer inkluderer bakterielle, virale, parasitære og soppinfeksjoner, som kan forårsake alvorlige økonomiske tap.
Rømning
Oppdrettsfisk som rømmer kan krydse med viltbestander, redusere genetisk mangfold. De kan også konkurrere med viltfisk om mat og habitat.
Høy produksjonskostnad
Å sette opp og drive en marikulturoperasjon er dyrt. Kostnader inkluderer fiskemati, utstyr, arbeid, tillatelser og forsikring.
Markedskonkurranse
Oppdrettsfisk må konkurrere med viltfanget sjømat. Denne konkurranse kan presse priser og gjøre det vanskelig for marikulturbedrifter å være lønnsomme.
Mattrygghetsbekymringer
Noen oppdrettsfisk kan inneholde høye nivåer av forurensninger som tungmetaller eller pesticider, som kan utgjøre helserisiko for forbrukere.