Etnobotanikk har noen ulemper:
- Ufullstendig eller unøyaktig informasjon: muntlige tradisjoner kan bli forvrengt eller gå tapt over tid.
- Kulturell sensitivitet og utsetting: forskning kan skje uten riktig samfunnssamtykke eller gevinstdeling.
- Begrenset omfang: funn fra spesifikke samfunn kan ikke generaliseres til andre regioner.
- Bevaringsutfordringer: uansvarlige praksiser kan føre til overhøsting av planter.
- Etiske overveielser: spørsmål om informert samtykke, intellektuell eiendom og gevinstdeling må håndteres nøye.
Til tross for disse utfordringene, forblir etnobotanikk verdifull når den benævnes etisk og respektfullt.