Evolusjonsteorien har hatt en dyp innvirkning på måten arter er klassifisert på. Før fremkomsten av evolusjonsteori ble arter klassifisert basert på deres fysiske likheter, med liten hensyn til deres evolusjonære forhold. Imidlertid introduserte evolusjonsteori begrepet vanlig avstamning, som sier at alle levende organismer er avstammet fra en felles stamfar. Dette førte til utvikling av fylogenetisk klassifisering, som grupperer arter basert på deres evolusjonsrelasjoner, snarere enn på deres fysiske likheter.