Det finnes flere tegn på hundeinavle som kan være en fysisk feil eller en medisinsk feil. De fysiske feilene kan være åpenbare når en kull av inavlte valper fødes og inkluderer trekk som asymmetriske ører, øyne eller lemmer. Mindre enn normal kullstørrelse med lav fødselsvekt valper kan peke på en inavlet kull. Voksne eller ungdomshunder kan vise et kompromittert immunsystem som fører til sykdom eller vise hjertefeil og hjerte-sykdommer.
Fysiske feil
Inavlte hunder kan produsere valper med fysiske feil som forstørrede hoder, kinkede hale eller manglende hale ved fødsel. Dette kan være et resultat av kombinasjonen av samme gen i hver forelder som er nært beslektet. En gapende gane på en valp betyr en genetisk fødselsfeil. En mindre versjon av en gapende gane kan være synlig i en ekstrem over- eller underbitt med fremtrillende tenner. En inavlet valp kan også vise ujevne karakteristika som et større og et mindre øye eller øynene kan være misformede. Ørene kan også være ujevne med et større enn det andre eller et plassert lenger bak eller nede på hodet enn det andre på en bemerkelsesverdig måte.
Fødselsvekt
Når hunder inavler, vil kullet generelt ha et overordnet nedgang i fødselsvekt. Valpene vil være mindre for deres rasetype og oftest vil det være færre valper per kull enn forventet for rasetypen. Lavere fruktbarhet på grunn av inavling vil arves som en egenskap til kullet og resultere i at hvert kull har mindre kull valper selv. Inavlte valper vil vokse langsommere enn ikke-inavlte valper og vil oppnå en mindre voksnen størrelse på grunn av lav fødselsvekt og sakte vekst.
Hjertesykdom
Inavlte hunder har en høyere forekomst enn normal av hjertefeil og hjertesykdommer. Genetikken deres kan kombinere seg slik at de resessive genene i hver av foreldrene kombinerer og virker som multiplikatorer. Dette kan resultere i respiratorisk svikt, hjertesykdom, svulster, kreft og mange andre medisinske komplikasjoner hos en inavlet hund.
Immunitet
Valper som er inavlte kan ha kompromitterte immunsystemer og vil ha en stor forekomst av forkjølelser og sykdommer som voksne. Noen av de inavlte valpene vil ikke ha immunitet mot noen bakterier og vil dø av en økt spedbarnsdødelighet før de klarer å få sin første sett med valpevaksiner ved seks ukers alder.