Pelsfarge
Mens både malteser og maltipoo er små følgesvennhunder som feller svært lite eller sletten, er det en forskjell i pelsfarge. En malteser er en helt hvit hund, så en maltipoo vil ofte bli født med fargede flekker i det hvite håret, en arv fra pudelforelderen, hvis peler kommer i svart, hvit, aprikos og brun.
Størrelsesforskjeller
Malteserhunder er ekstremt små, med hunner som måler bare 20 til 23 cm, hanner som måler bare 20 til 25 cm og begge kjønn veier omkring 3 til 4 kg. Maltipoo-størrelse varierer avhengig av om forelderen malteser ble avlet med en leketøys- eller miniatyrpudel; de varierer mellom 20 og 36 cm og 2 og 9 kg.
Personlighet
Både malteser og maltipooer er kjærlige og lekefulle hunder, men en malteser kan være vanskeligere å lære å være renholdig enn en maltipoo. De bør begge sosialiseres tidlig for å unngå fremmedangst, men maltipooer er kjent for å være høyspente dyr og klarer seg bedre med eldre barn som vet hvordan de skal håndtere dem bedre.
Helseproblemer
Malteserhunder får ofte solskinn på huden der hårlinjen skilles og har også tannproblemer, så å føre dem hundekjeks kan hjelpe med å holde munnen frisk. Maltipooer kan være disponert for en rekke problemer, inkludert epilepsi og hvit hundeskjevsyndrom, det sistnevnte resulterer i mangel på koordinasjon og raske øyebevegelser. Malteserhunder kan leve i over 15 år, med noen som lever helt opptil 18 år. Maltipooer lever typisk 10 til 15 år.