Jaguarer beboer jungler, skoger, buskland og savanner over Midt- og Sør-Amerika, inkludert Amazon-regnskogen, Pantanal-våtmarkene, Gran Chaco, Andes-skyskoger og brasilianske kystmangrover. De foretrekker tett vegetasjon som gir dekke for lureangrep på bytte. Hver jaguars territorium kan strekke seg fra 25 til 100 kvadratkilometer.
Habitattap fra avskoging, landbruk og menneskelig bosetting er en av de største truslene mot jaguarer. Bevaringsinnsats fokuserer på verneområder, bærekraftig arealbruk og lokalbefolkningens opplysning.