Aksialt skjelett
Hodeskjelett: Svartfotet iller har et relativt lite, utvidet hodeskjelett med en bred rostrum og en uttalt sagittalkam.
Kjevebein: Underkjeven er robust og inkluderer en fremtredende vinkelprosess.
Ryggvirvler: Ryggsøylene består av 7 halsvirvler, 13 brystvirvler, 6 lendervirvler, 4 korsbeinsvirvler og 19 til 20 halevirvler.
Revben: Det er 13 par revben, hvor de første 8 parene er festet direkte til brystbeinet.
Brystbein: Brystbeinet er utvidet og smalt.
Appendikulært skjelett
Forben: Forbenene er relativt korte og robuste, med fem tær på hver forpote.
Bakben: Bakbenene er lengre enn forbenene og har også fem tær på hver bakpote.
Ben i ekstremitetene: Det appendikulære skjelettet inkluderer overarmsbein, radius, ulna, lårbein, skjenbein og fibula.
Føtter: Føttene er sammenligningsvis brede og har semi-inntrækkbare klor.
Summarisk er skelettstrukturen til svartfotet iller tilpasset dens lille størrelse og spesialiserte gravende atferd.