Hashimotos tyreoiditt er ofte forbundet med forhøyede nivåer av immunglobuliner, spesielt anti-tyreoglobulin og anti-thyroid peroksidase-antistoffer. Disse antistoffene er rettet mot skjoldbruskkjertelens inngående proteiner. Høyden deres indikerer en autoimmun respons mot skjoldbruskkjertelen, noe som resulterer i kronisk betennelse kjent som Hashimotos tyreoiditt.