Primære gener
De primære hestefargene (kastanje, brun/bay, brun og svart) kontrolleres av interaksjonen mellom ekstensionsgenet og agouti-genet. Ekstensionsgenet kontrollerer produksjonen av røde og svarte pigmenter, mens agouti-genet kontrollerer fordelingen av røde og svarte pigmenter. Disse to pigmentene kan utbleskes med fem andre gener som produserer krem, champagne, dun, perle og sølv pigmenter.
Mørke pelsfarger
- Flere raser har svært mørke, til og med svarte pels. Den svarte pels skilles ved at ingen andre farger er tilstede: manehår, bein og kropp er helt svarte. Hvis du kan se bevis på noen annen farge eller merker, er hesten ikke en ekte svart. Lever kastanje er den mørkeste pels i kastanje-rase. Denne pels virker nesten svart i farge med dype røde nyanser i manehår og hale. Mørke brun (bay) hester virker nesten svarte, men ved nærmere inspeksjon blir det tydelig at pels er mørk brun med svarte høydepunkter. Den blå roan pels er svart hest med en roan-gen, som gir hesten en svart pels med innsprengte hvite hår.
Brune til sandgule pelsfarger
- De fleste hestepels vil passe inn i den brune til sandgule kategorien. Kastanje-rasen inkluderer røde, lyse og flaks-farger. Rød kastanje virker en rød, oransje, brun farge som dukker opp på rasens karakteristiske blank pels. Lys kastanje kjennegjennes av en rød, brun pels med lyse farger i spissene av manehår og halehår. Flaks kastanje har en distinkt brun farge med sandgul manehår og halehår. Brun (bay) hester har en dyp brun farge og kjennegjennes av svarte aksenter i manehår, hale og bein. Brun dun (bay dun) hester er lys gule i farge med mørk brun til svart manehår, bein og hale. Palomino hester har en lys gull til dyp gull farge med en lys krem til hvit mane og hale. Grullo eller Grulla hester har en røykende musgrå farge som varierer fra lyse til dype nyanser. Videre har deres bein, manehår og hale mørk brun og svarte hår.
Lyse til hvite pelsfarger
- Noen av de sjeldneste hestepelsene passer inn i den lyse krem til hvite pels kategori. Rent hvite eller dominante hvite hester anses som de sjeldneste. Både foreldre må være hvite for å produsere en ren hvit avkom. Rene hvite skilles ved sin rosa hud, rene hvite hår og hasseløyne. Typiske dun-hester kjennegjennes av sin lyse sandgule til lyse grå farge, med bein, manehår og hale som virker litt mørkere enn pels. I tillegg skilles typiske duns av mørke merker som fremstår i en dorsaal stripe. Buckskin-hesten har en lys brun, sandgul farge med svarte bein, manehår og hale. Buckskins er veldig like typiske duns, men de har ikke en distinkt dorsaal stripe. Cremello- og perlino-hester er kastanje- og brun (bay) hester med to krem-gener som gir dem sin karakteristiske off-hvite farge. De har rosa hud, blå øyne og deres manehår og hale har hvite hår. Champagne-hester er vanskelige å skille fra rene hvite. Som rene hvite har de rosa hud og hvite hår; likevel, i motsetning til rene hvite, er de født med blå øyne som blir hassel eller grønne når de modner til voksne.
Mønsterfargede pels
- De to typene mønsterfargede pels er appaloosa og painted/pinto mønstre. Appaloosa-hester er ikke nødvendigvis fargespesifikke. Appaloosa-mønsteret fremstår som små pletter over hele hestens pels. Leopard-appaloosa-hester har for eksempel store mørke pletter som fremstår over en lys base, som lys grå eller hvit. Snøfnugg-appaloosa-hester har lyse til hvite pletter som fremstår over en mørk farge som mørk kastanje eller brun (bay). De tre typene paint eller pinto-hester har et fargemønster som minner om den typiske hvite og svarte mønsteret på en melkeku. Tobiano-hester har fire hvite bein og store distinkte mørke pletter med jevne kanter. Overo-hester er pletter som virker mindre i størrelse enn tobiano og er tannete i stedet for jevne. Videre er overo-hester ikke fargespesifikke, noen er hvite med rødbrune pletter og andre er mørke med hvite pletter. Tovero-hester er mønsterfargede hester som ikke er fargespesifikke og har en kombinasjon av både tobiano- og overo-pletter.