Moderne kunnskap og forståelse av genetikk gjør det mulig for hesteavlere å avle for spesifikke farger. Vitenskapen bak avling for spesifikke farger er kompleks, men en forenklet måte å forklare det på er at hester, som alle levende vesener, har resessive og dominante gener. Hver hest har en grunnleggende bakgrunnsfarge, som kan være brunbrun, svart eller kastanje. Når grunnfargene blandes med hvit eller krem, får du roaner, paints, appaloosas og andre farger. Selv om det har vist seg å være umulig å avle for hvite ansikts- eller beinmerker, er det mulig å avle for hvite kroppsmerker.
Homozygote og heterozygote hester
Hver hest av hver rase og farge har et par gener for å produsere hvert mulig prikkmønster. Mønsteret er kun til stede når en av generne er dominant. I en homozygot hest er begge gener for et bestemt mønster dominante. En homozygot hingst vil produsere det spesifikke mønsteret uavhengig av hvilke fargede hopper han avles med. Selv om han viser mønsteret, vil sjansene for at en heterozygot hingsts avkom har mønsteret avhenge av hoppens gener.
De hvite mønstrene
I tobiano-mønstre krysser det hvite hestens rygg mellom halsen og kruppen og alle fire nedre bein er hvite. Hodet til en tobiano er enfarget og kan ha eller ikke ha en vanlig bles. Det hvite mønsteret krysser aldri hestens rygg i overo-mønsteret, som er motsatte av tobiano, med minst ett bein som er helt enfarget helt ned, og utvidet hvitt på hodet. Overos har også fire gjenkjente mønstre: ramme, calico, sabino og splashed white. Piebalds og skewbalds kan være overo eller tobiano eller leopard.
Kremgenet
Kremgenet utvanner grunnfargen. Kastanje er en resessiv farge og to kastanje-gener vil produsere en kastanje-fôl. En palomino har en kastanje og et kremgen, og når de avles sammen kan de produsere palomino- eller kastanje-fôler. Cremellos har ingen kastanje-gener og to kremgener, så de er som en dobbelt utvannet kastanje. Avling av en kastanje til en cremello vil alltid produsere en palomino. Avling av en brunbrun med en brunbrun vil mest sannsynlig produsere en brunbrun-fôl. En buckskin eller dun er en brunbrun med et kremgen, mens en perlino er en buckskin med et dobbelt kremgen.
Svart
Det svarte genet er det mest upåklagelige. Avling av to svarte nødvendigvis produserer ikke en svart fôl. Hvis de bærer utvanningsgenet, kan de overraske eierne sine og produsere en palomino eller buckskin. I noen tilfeller kan svart lette utvannes for å produsere en mørk grå eller røykende farging. Et dobbelt utvannet svart gen vil resultere i en røykende krem, med blå øyne og rosa hud.
Hvit
Den amerikanske albino-rasen er ikke en sann albino fordi den har brune øyne snarere enn rosa øyne. Hester med et dødelig hvitt gen kan produsere en homozygot overo, som vil dø kort etter fødsel. Dette er kjent som dødelig hvit syndrom og hester kan testes før avling for å avgjøre om de bærer det dødelige hvite genet. Uavhengig av hvilken farge en hest starter med, hvis den bærer et grått gen, vil den bli grå og lettere med alderen. Dette genet kan noteres i lipizzaner-rasen, hvor fôlene fødes svarte og begynner å bli grå innen få måneder.