Harlekinfrosken bebor fjellbekker i Neotropika. Et egnet habitat inkluderer:
- Fjellbekker: Raskt flytende, kaldt, klart vann med steinert bunn.
- Vannkvalitet: Urenefritt vann med litt sur pH 6,5 til 7,0.
- Breddevegetasjon: Planter langs breekken gir skjul, solplasser og varierte mikrohabitater.
- Løvbrudd: Gir kamouflasje, skjul og næringstoffer.
- Steinert bunn: Essensielt for egglegging, oksygenflyt og beskyttelse fra rovdyre.
- Tilstrekkelig bytte: Sunn tilgang på insekter, edderkopper og små krepsdyr.
- Fraver av forstyrrelse: Beskyttelse mot forurensing, sedimentasjon, og invasive arter.