Naturlige fiender
Flying fox-flaggermus er sårbare for rovfugler som ørner, høker og ugler, spesielt unge eller skadede flaggermus. Slanger som pytoner kan angripe dem i rovister. Aber, vilde katter som leoparder og tiiger, samt tamme eller ville hunder kan også jekte dem.
Menneskelige trusler
Mennesker jakter flying fox for mat i enkelte regioner, og habitatstap fra skogavvirkning og utbygging ødelegger deres rovister og mateområder.
Forsvar
Flying fox er nattaktive, rover i store kolonier for beskyttelse, og kan unngå rovdyr med rask, smidig flyvning.