Jakt: Jaguarer blir også jaktet på pelsen og andre kroppsdeler. Tennene og klørne deres selges ofte som suvenirer, og kjøttet deres blir noen ganger konsumert. I noen områder jaktes jaguarer også for sport.
Konflikt med mennesker: Jaguarer kan noen ganger komme i konflikt med mennesker, spesielt når de jakter på husdyr. Dette kan føre til at ranchere og bønder dreper jaguarer som gjengjeldelse.
Klimaendringer: Klimaendringer har også en negativ innvirkning på jaguarer. Etter hvert som klimaet varmes opp, blir jaguarhabitater varmere og tørrere, noe som gjør det vanskeligere for dem å overleve.
Som et resultat av disse truslene er jaguarer nå klassifisert som "Near Threatened" av International Union for Conservation of Nature (IUCN). Dette betyr at de står i fare for å bli utryddet i nær fremtid hvis ikke bevaringsarbeidet intensiveres.