Florida-pantheren står overfor flere store trusler:
- Habitattap: Utbygging, jordbruk, og gruvedrift fragmenterer og reduserer territoriet.
- Bilskader: Panterer som krysser veier løper risiko for skade eller død.
- Sykdom: Sykdommer som katteleukemi og forkyllese kan spre fra tamdyr.
- Inavling: Liten bestand reduserer genetisk mangfold og reproduktiv suksess.
- Ulovlig jakt og handel: Jakt og ekotisk husdyrhandel utsetter arten for fare.