Tap av habitat er en annen stor trussel mot sjøkuene. Manater er avhengige av grunt, varmt vann for å overleve, og deres habitat blir ødelagt av menneskelige aktiviteter som kystutvikling, forurensning og klimaendringer. Etter hvert som habitatet deres forsvinner, har sjøkuene færre steder å leve og mate, noe som kan føre til befolkningsnedgang og til slutt utryddelse.
Jakt og krypskyting er også betydelige trusler mot sjøkuene. Manater jaktes på for kjøtt, skinn og olje, og de blir ofte drept som bifangst i fiskeredskaper. I noen områder blir sjøkuer også drept med vilje av mennesker som ser på dem som skadedyr. Jakt og krypskyting kan redusere sjøkubestanden og bidra til at arten utryddes.
Klimaendringer er en økende trussel mot sjøkuene. Ettersom jordens klima endres, stiger havnivået og vanntemperaturen øker. Dette kan forstyrre sjøkuens fôring og avlsmønster og gjøre dem mer sårbare for sykdom. Klimaendringer kan også føre til endringer i kysthabitater, noe som ytterligere kan true sjøkubestandene.
Ved å håndtere disse truslene kan vi bidra til å beskytte sjøkuene og forhindre at de dør ut.