Bløtdyr har eksistert i hundredvis av millioner år. De tidligst kjente bløtdyrene daterer tilbake til prekambrisk periode, for ca. 550 millioner år siden. Disse tidlige bløtdyrene var små, ormlignende havvesener. Over tid utviklet de seg til muslinger, sniler, blekkfisk, og mange andre former. I dag er bløtdyr en av de mest vellykkede dyregrupper, med over 100 000 kjente arter.