Havotter står overfor flere betydelige trusler:
Spekkhoggerpredasjon: Spekkhogger er de primære rovdyrene for havotter og kan stå for opptil 20 prosent av havotterdødeligheten i noen områder.
Sykdom: Havotter er mottagelige for bakterielle infeksjoner, virale infeksjoner og parasitter, som kan være dødelige, spesielt for unge dyr.
Sult: Havotter er avhengige av tare og andre marinvertebrater for mat. Hvis mattilbudet utslettes, kan de sultne.
Menneskelig aktivitet: Havotter kan drepes ved skyting, drukning, eller ulykker i fiskeredskap.