Røde ekorner står overfor en rekke trusler i naturen, både fra andre dyr og menneskelig aktivitet.
Naturlige rovdyr:
Rovfugler: Høker, ugle og Falker er viktige rovdyr.
Hermeliner, mår og røyskatt: Disse flinke rovdyrene kan klatre i trær og jage røde ekorner i deres rede.
Rever: Rever predater primært unge eller skadde ekorner, men kan også jage voksne dyr.
Slangearter: Noen slangearter predater unge ekorner, spesielt der ekorner er aktive på bakken.
Konkurranse og andre trusler:
Grå ekorner: En betydelig trussel, spesielt i Storbritannia, da de konkurrerer ut røde ekorner om mat og ressurser.
Habitattap og fragmentering: Tap av skoger og skogmark reduserer fødekilder og redevokster.
Klimaendringer: Endrede vær mønstre påvirker tilgjengeligheten av mat og overlevelse.
Sykdommer: Røde ekorner er utsatte for sykdommer som ekornpoker, som kan spreis av grå ekorner.
Menneskelig aktivitet:
Vegtraffikk: Trafikkulykker er en stor trussel.
Jakt og felling: Noen ganger jaktet eller fanget, selv om dette vanligvis er ulovlig eller regulert.
Spesifikke trusler varierer avhengig av geografisk beliggenhet og det lokale økosystemet.