Primære fiender
Havotter er relativt små og sårbare, og står overfor rov fra noen ulike dyr:
Spekkhogger (Orcas): Spekkhogger er den mest betydelige trusselen mot havotter. De er store, intelligente, og mektige rovdyre som lett kan jakte og drepe otter.
Hvithajer: Selv om ikke like vanlige som spekkhogger, er hvithajer også kjent for å rovlede havotter, spesielt i områder der deres utbredelse overlapper.
Sekundære fiender
Haier (andre enn hvithajer): Andre haiarter, spesielt større, kan tilfeldigvis rovlede havotter.
Bjørner: Selv om havotter primært er marine dyr, kan de noen ganger være sårbare for landrovdyre som bjørner, spesielt hvis de kommer nært land.
Andre trusler
Mennesker: Menneskelig aktivitet som fiske, oljeutslipp, og habitatforstyrrelse kan også negativt påvirke havotterbestander.
Det er viktig å merke seg at havotterbestander generelt er ganske lave, og tallene deres har vært alvorlig påvirket av historisk jakt og andre menneskelige aktiviteter. Som et resultat anses de nå som en truett art i mange områder.