Generelt tolererer fisk lave konsentrasjoner av eddiksyre i korte perioder. Langvarig eksponering eller eksponering for høyere konsentrasjoner kan imidlertid forårsake betydelig skade. Toksisiteten til eddiksyre til fisk varierer også avhengig av arten. Noen fisk er mer følsomme for forsuring enn andre.
Eddiksyre kan også påvirke vannkvaliteten i en fisketank eller tjern, spesielt hvis den tilsettes i store mengder. Det kan senke pH i vannet, noe som gjør det surere. Dette kan være skadelig for fisk og andre vannlevende organismer, da de er tilpasset et spesifikt pH -område.
Derfor er det viktig å være forsiktig når du bruker eddiksyre i akvarier eller dammer. Det skal bare brukes i små mengder og for spesifikke formål, for eksempel desinfisering av akvariumutstyr eller behandling av visse sykdommer. Overforbruk eller feil bruk av eddiksyre kan føre til bivirkninger på fisk og annet vannlevende liv.