Vannkvalitet har en vesentlig innvirkning på fiskeoppdrett. Sentrale parametre er oppløst oksygen, temperatur, pH, salinitet og tilstedeværelsen av giftstoffer eller patogener. Dårlig vannkvalitet fører til sykdom, redusert vekst og høyere dødelighet. Oppdrettere håndterer disse faktorene gjennom overvåking, filtrering, aerasjon og jevnlig vannutveksling.