Flere faktorer kan begrense flodkrepsbestander:
Livsmiljø: Forurensning, ødeleggelse og konkurranse reduserer skjul, mat og gyteplasser.
Mat: Begrenset planter, alger, urygddyr eller småfisk kan forårsake nedgang.
Vannkvalitet: Flodkrepser er sensitive til temperatur, pH og oksygenendringer.
Sykdom: Ulike sykdommer kan redusere bestander.
Rovdyr: Fisk, fugler, pattedyr og andre urygddyr rovjakter flodkrepser.
Klimaendringer: Endrer livsmiljø og mattilgjengelighet.
Overfiske: Hasting for mat og agn kan føre til bestandsnedgang.