Komodovaraner reproducerer seg gjennom både seksuell paring og aseksuell partenogenese. I parningssesongen konkurrerer hanner om hunner gjennom dominansvisninger. Paring innebærer at hann klamrer seg fast om hunnens hals og setter inn sine hemipener.
Hunner kan også produsere avkom uten hanner gjennom partenogenese. Etter befruktning legger hunn opptil 25 egg i en redehule eller hul tre. Eggene rugar i ca. 8–9 måneder. Kleklinger er selvforsørgende og begynner å jekte insekter og små reptiler umiddelbart.
Hunner kan lagre sperme for senere bruk, og kleklinger har en spesielt eggetann for å knuse skallet. Disse strategiene hjelper komodovaraner å overleve i sine øy-økosystemer.