Saltbassenger fungerer litt annerledes enn tradisjonelle klorbassenger. De er begge desinfisert ved hjelp av klor, men klor i et saltbasseng genereres når salt blir oppløst i vann, i stedet for å bli direkte lagt til bassenget som i et klorbasseng.
Tradisjonelle klorbassenger har vanligvis et klornivå på 1-3 ppm (deler per million), mens saltbassenger vanligvis har et klornivå på 1-3 500 ppm. Selv om saltvanns klornivåer er høyere, er selve kloren mindre tøffe i saltvannsbassenger enn i klorbassenger. Saltvannssystemet genererer en form for klor som kalles hypoklorsyre, som er mindre reaktiv og forsvinner saktere enn klor i tradisjonelle klorbassenger. Denne tregere dissipasjonen betyr at saltbassenget ikke krever ekstra klor så ofte, og planter rundt bassenget er mindre utsatt for høye nivåer av klor.