Borneos ikke-levende komponenter inkluderer:
- Fjellarter og mineraler: gamle skifere og gneiser, i tillegg til kull, gull, kobber og diamanter.
- Huler: omfattende kalksteinsystemer som Mulu-hulene, hjem for Sarawak-kammeret.
- Strender og sand: kystlinjer langs Kina-havet, Sulu-havet og Celebes-havet med varierende sandtyper.
- Jord: mangfoldige jordtyper fra sure myrjord til fruktbare vulkaniske jord.
- Vannforekomster: hav, korallrev, mangrover og elver som Kapuas og Rajang.