1. Tarmer: Salmonella koloniserer og formerer seg først og fremst i mage-tarmkanalen, spesielt i tarmene. Bakteriene kan formere seg raskt i tynntarmen, og forårsake betennelse og tilhørende symptomer som diaré, magesmerter, feber og kvalme.
2. Mesenteriske lymfeknuter: Som en del av kroppens immunrespons kan Salmonella invadere de mesenteriske lymfeknutene, som ligger nær tarmene. Innenfor disse lymfeknutene kan bakteriene spre seg og forårsake betennelse.
3. Lever og milt: I alvorlige tilfeller, spesielt med invasiv ikke-tyfus Salmonella (iNTS), kan bakteriene spre seg gjennom blodet og nå leveren og milten. Her kan Salmonella reprodusere i vevet og Kupffer-cellene i leveren og makrofagene i milten.
4. Galleblæren: Hos personer med underliggende tilstander som gallestein eller galleavvik, kan Salmonella kolonisere galleblæren og formere seg i gallen. Dette kan føre til betennelse i galleblæren (kolecystitt).
5. Andre nettsteder: I sjeldne tilfeller kan disseminert sykdom oppstå, slik at Salmonella kan spre seg til andre organer og vev utenfor mage-tarmkanalen, slik som blodet (bakteremi), bein, ledd, hjernehinner og hjerteklaffer. Reproduksjon kan da skje innenfor disse infiserte stedene.