Saltvanns-kvajergras
Spartina alterniflora finnes vanligvis i midt-intertidal sone av estuarer. Det er svært salt-tolerant, og bruker spesialiserte vev for å ekskrere overskuddssalt.
Mangrover
Diverse arter fra familier som Rhizophoraceae, Avicenniaceae og Combretaceae vokser i tropiske og subtropiske estuarer der salinitet og temperaturer er høye. De har luftige røtter som stabiliserer sediment og hjelper med å trekke ut oksygen.
Fytoplankton
Mikroalger inkludert diatomeer, dinoflagellater og syanobakterier flyter fritt i vannsøylene og bruker sollys for fotosyntese. De bidrar betydelig til primærproduksjon i estuarer, spesielt i de øvre vannsøylene.
Sammen danner disse autotroferne grunnlaget for estuar-næringssnett, og omdanner solenergi til mat som støtter et bredt spekter av dyreliv.