Ørret puster gjennom giller, svært spesialiserte organer designet for å trekke ut oppløst oksygen fra vann. Beliggende på hver side av ørretens hode, består giller av tynde, fjærformede filamenter dekket med små blodkärler.
Mens en ørret svømmer, trekker den vann inn gjennom munn og presser det over gillfilamentene. Oksygen fra vannet diffunderer inn i blodkärlene, mens karbondioksid utskilles gjennom gillslitene. Denne prosessen er bemerkelsesverdig effektiv, og tillater ørret å trekke ut oksygen selv fra kalde, raske strømmer der oksygen nivåer kan svinge.
Uten denne konstante strømmen av vann over gillene, kan ørret ikke overleve, og det er derfor vannkvalitet og strømningshastighet er så kritisk for deres helse.