Det morfologiske artbegrepet har flere begrensninger. En stor ulempe er at det ikke kan anvendes på organismer som reproducerer seg aseksuelt. Fordi aseksuelle organismer mangler distinkte kjønn og de reproduktive barrierene som skiller seksuelle arter, kan det være vanskelig å bestemme hva som utgjør en art. Som et resultat er det morfologiske artbegrepet ikke alltid nyttig for klassifisering av aseksuelle organismer.