Minnesota har store områder med uberørte naturlige habitater som tilbyr hjem for talløse dyrearter. Staten alene er hjem for 11 medlemmer av familien Sciuridae, eller ekorn-familien. Ekorn kommer i tre grunnleggende typer: flyvende, tre- og mark-ekorn, alle tre representert i staten.
Tre-ekorn
Minnesota er hjem for tre arter tre-ekorn, den største av hvilken er den østlige røde ekorn (eastern fox squirrel). Den vokser til nesten 60 cm (2 fot) i lengde, i snitt, og veier over 0,68 kg (1 1/2 lbs). Den røde ekorn finnes i alle deler unntatt de mest nordøstlige områdene av staten. Den østlige grå ekorn er liten og vokser til 45 cm (18 tommer) i lengde og litt over 0,45 kg (1 lbs). Den minste tre-varieteten er den røde ekorn (red squirrel), som vokser til over 30 cm (en fot) i lengde, og veier 0,23 kg (1/2 lbs). Både den østlige grå og røde ekorn finnes i hele staten.
Flyvende ekorn
USA er hjem for to arter flyvende ekorn, begge kan finnes i Minnesota. Den nordlige flyvende ekorn finnes i de mest nordøstlige regionene av staten. Den vokser til over 30 cm (en fot) i lengde og mindre enn 0,23 kg (1/2 lbs) i vekt. Den sørlige flyvende ekorn finnes i de fleste deler av unntatt de mest nordlige regionene. Den er mindre, vokser til ca. 23 cm (9 tommer) i lengde og kun ca. 70 g (2 1/2 ounces).
Mark-ekorn
Staten er hjem for tre mark-ekorn. Den største er Franklin's mark-ekorn. Den vokser til over 30 cm (en fot) i lengde og veier opptil 0,9 kg (2 lbs). Den finnes i alle deler unntatt den mest ekstreme nordøstlige delen av staten. Richardson's mark-ekorn er litt mindre, nesten 30 cm (12 tommer) i lengde og veier litt over 0,68 kg (1 1/2 lbs), de finnes kun i vestre Minnesota. Den andre arten er den 13-stripete mark-ekorn. Den vokser til mindre enn 25 cm (10 tommer) i lengde og 140 g (5 ounces) i vekt. Arten finnes landsdekkende.
Jordmus og marmott
Jordmus og marmotter er også typer mark-ekorn. Minnesota er hjem for to jordmus-arter. Den minste jordmusen vokser til 20 cm (8 tommer) og veier opptil 42 g (1 1/2 ounces). Den østlige jordmusen er litt større, over 23 cm (9 tommer) og ca. 85 g (3 ounces) i vekt. Marmotten er den største av statens ekorn-arter. Den vokser til over 60 cm (2 fot) i lengde og nesten 3,6 kg (8 lbs).