Fjorten arter av flaggermus er hjemmehørende i Missouri, inkludert to som er truede. Fordi alle flaggermusene hjemmehørende i Missouri er insektetere og konsumerer enorme mengder av vingeplager, spiller disse flyende pattedyrene en viktig rolle i å holde statens nattinsektspopulasjon i sjakk.
Brune flaggermus
Den lille brune flaggermusen (Myotis lucifugus) og den store brune flaggermusen (Eptesicus fuscus) er de to artene en huseier mest sannsynlig vil møte. Det er fordi flaggermusene noen ganger vil raste i et hjem eller en bygning. De fleste av de andre artene av flaggermus funnet i Missouri foretrekker huler eller trær. Begge flaggermusene er – ingen overraskelse – brune i farge og har vinger som er en litt mørkere skjære av brun. Den lille brune flaggermusens kropp er typisk omtrent 4 1/2 til 5 1/2 tommer lang, mens den store brune flaggermusens kropp er typisk omtrent 5 1/2 til 8 tommer lang.
Truede flaggermus
Missouri har tre arter av flaggermus, Indiana, Ozark Big-eared og grå, som er listet på U.S. Endangered Species list. I motsetning til noen arter som bare lever i huler når de vintersøver, lever grå flaggermus (Myotis grisescens) i huler hele året.
Indiana-flaggermusen (Myotis sodalis) strekker seg over det østlige USA, inkludert Missouri, i de varme månedene. Om vinteren samles de imidlertid i enorme tall, med hele populasjonen som vintersøver i bare noen få utvalgte huler.
Ozark Big-eared flaggermus, som navnet antyder, har veldig store ører. Ifølge "National Geographic" kan denne flaggermusen ikke lenger bo i Missouri-huler. Alle tre artene er truede hovedsakelig på grunn av en kontinuerlig forringelse av hulene som flaggermus liker å raste i av utforskere, gruvedrift og andre som går inn i levestedet deres.
Trekkfugler
Noen flaggermus lever i Missouri bare en del av året og trekker deretter andre steder, avhengig av vær. Kveldsflaggermusen (Nycticeius humeralis) er en liten rødbrun flaggermus som noen ganger lever i bygninger, tilbringer størstedelen av året i Missouri, men vinterer andre steder. For øyeblikket er det ikke mye kjent om hvor denne flaggermusarten vintersøver. Den bleke brune hoary-flaggermusen (Lasiurus cinereus) er den største flaggermusarten i Missouri. Om vinteren trekker denne flaggermusen til Mexico, Sør-Amerika og deler av sør California. Den røde flaggermusen (Lasiurus borealis), som kan variere i farge fra lyse røde og oransje til matte tegl og kastanjer, trekker også i vintermånedene, selv om noen kan bli i de sørlige delene av Missouri.
Andre flaggermus
De andre flaggermusartene i Missouri inkluderer den sjeldene, medium-store nordlige langørede flaggermusen (Myotis septentrionalis) og den østlige pipistrelle-flaggermusen (Pipistrellus subflavus), som er den minste arten funnet i øst. En annen art i Missouri er den sølvbeinte flaggermusen (Lasionycteris noctivagans), som er en svart flaggermus med hår frostad med et sølvspiss. Den småbeinte flaggermusen (Myotis leibii) er en brun flaggermus med en svart maske. Rafinesque's store øre flaggermus er en slektning til Ozark store øre flaggermus og er listet som en truet art. Tthe Brazilian Free-tailed flaggermus (Tadarida brasiliensis) dukker også opp i Missouri.