Habitattap og fragmentering: Skoger hogges for trevirke, landbruk og utvikling, ødelegger mat og skjul og øker sårbarhet for jakt.
Jakt og javeri: Jaktet for kjøtt, skinn og gevir. Svak kontroll og javeri for lokale markeder er store problemer.
Sykdom: Mottagelig for innførte og endemiske sykdommer, inkludert munne- og klauvsykdom, som kan forårsake alvorlig sykdom og død.
Konkurranse med andre arter: Innførte hjortarter som rusa- og sikahjort konkurrerer om mat og habitat og kan overføre sykdommer.
Den filippinske hjortbestanden avtar raskt. Med mindre effektive naturverntiltak iverksettes, vil den sannsynligvis bli utdødd i vildmarken.