jakt og krypskyting: Den filippinske hjorten jages etter kjøtt, hud og gevir. Hjortejakt er et populært tidsfordriv på Filippinene, og håndhevelse av jaktforskrifter er svakt. Poaching er også et stort problem, ettersom hjort ofte blir drept for salg i lokale markeder.
sykdom: Den filippinske hjorten er også utsatt for en rekke sykdommer, både introdusert og endemisk. En av de mest alvorlige truslene er lege-og-munn-sykdommen, som kan forårsake alvorlig sykdom og til og med død i hjort.
Konkurranse med andre arter: Den filippinske hjorten står også overfor konkurranse om mat og ressurser fra andre arter, inkludert introduserte hjortearter som Rusa -hjorten og Sika -hjorten. Disse introduserte artene kan overgå den filippinske hjorten for mat og habitat, og kan også overføre sykdommer.
Den filippinske hjorten er en truet art, og befolkningen synker raskt. Med mindre effektive bevaringstiltak tas, vil det sannsynligvis bli utdødd i naturen.