Havørner kan dø av sykdommer som fugleinfluensa, West Nile-virus og blyforgiftning. Egg og unger kan rovdes av stor hornuggla og kongeørn. Voksne blir sjeldent rovdet, men kan drepes av større rovdyer. Kollsjoner med ledninger og vindturbiner, samt jakt, felling og habitatformiddelse av mennesker, dreper også havørner.