Kongeørner er toppredatorer og har typisk ingen naturlige rovdyr som voksne. Likevel er eggene og ungene deres sårbare. Andre fugler, som ravner, ugler, høker og til og med andre ørner, kan rovde på egg eller unge unger.
I tillegg kan noen pattedyr – inkludert bjørner, ulver og pumaer – til tider ta unger eller skadde voksne ørner. Til tross for deres dominante stilling i næringkjeden, må ørner beskytte reirene sine nøye for å sikre overlevelsen av avkommen sin.