Selv om uttrykket "kanarigul" har blitt en vanlig fargeidentifikator, er kanarier ikke alltid gule. Ville kanarier ser ofte grønnlige eller blålige ut, på grunn av samspillet mellom to distinkte pigmentlag, og den leende gule som har blitt synonym med fuglen selv, var bare en mutasjon som avlere likte og søkte å replisere. Domestiserte fargekanarier er nå tilgjengelige i hundrevis av nyanser.
Klare gule og hvite kanarier
Rene gule og rene hvite kanarier kalles "klare" gule eller hvite fordi det ikke er melaninpigment som overlegger grunnfargen – kjent som lipokromlaget – av enten gult eller hvitt. Klare kanarier er avlet for denne fargeegenskapen alene, og de fleste sangtype kanarier er ikke klare fugler. Noen avlere tror at det finnes en sammenheng mellom en fugls farge og dens evne til å synge. Likevel finnes det ingen vitenskapelig evidens for påstanden om at klare fugler er mindre dyktige til å synge.
Svarte og brune melaninvariasjoner
Når et melaninoverlegg er til stede hos en kanari, kan en rekke naturlige fargesammenstillinger oppstå. Melanin er ofte en blanding av svart og brunt pigment, men noen ganger mangler ett av de to pigmentene. Typen melanin på toppen av grunnfargen er det som forårsaker variasjonene. Svart og brunt melanin på en hvit kanari produserer en blågrå farget fugl kalt en blå kanari. På en gul fugl, er den samlede fargen mer grønn. Hvis kun brunt melanin er til stede på en gul kanari, er resultatet en kannelfarge kjent som kannelfaktor. Andre variasjoner som skyldes lipokrom-melanin-kombinasjoner er gull, sølv, bronse, rød faktor, pastell, reinsdyr og øgle.
Fjærtype og frosting
Fjærtype, som klassifiseres som enten hard eller myk, kan også påvirke fargen hos kanarier. I hard-fjærtyper, penetrerer fargen hele fjæren. I myk-fjærtyper, likevel, strekker ikke fargen seg helt ut til spissene av hver fjær, noe som lar disse spissene hvite. Mykfjærde kanarier kalles frosted kanarier, mens de som ikke er det, anses som ikke-frosted.
Fargeforbedring
Fargemating er en annen måte avlere kan utvide på mengden farger kanarier kan ha. For eksempel kan kanarier mates med røde paprika for å forbedre de røde tonene i fargene deres. Visste ekstrakter og kjemikalier kan også kjøpes, blandes med vann og så mates til kanarien. Likevel kan fargemating og kjemisk behandling være farlig for fuglens helse hvis ikke gjort riktig.