* fugler: Hegre, egrets, kingfishers og andre vadefugler er kjent for å bytte på mudskippere både inn og ut av vannet.
* reptiler: Overvåk øgler, slanger og til og med noen skilpadder kan være en trussel mot Mudskippers.
* pattedyr: Større pattedyr som oter og noen typer aper kan prøve å spise mudskippere hvis de får sjansen.
* annen fisk: Større fisk som kommer inn i Mudskippers habitat, kan også bytte på dem.
Det er viktig å merke seg at Mudskippers har noen forsvar, som deres sterke, slimete hud, og at de raskt kan grave seg inn i gjørmen for å unnslippe rovdyr.