En av de store problemene med fiskeoppdrett er sykdom . Et stort antall av fisk er oppvokst i nært hold . Fisken spre sykdommen hele oppdretts populasjon og er vanligvis behandles med antibiotika. Sykdommen har en sterk sjanse for spredning til ville bestander hvis fisken er caged innenfor en vill miljø . Dette er spesielt vanlig med farm- reist laks i åpent hav bur , men også oppstår når settefisk er bevisst innført i en vill miljø .
Evironmental degredation
stort antall oppdrettsanlegg er bygget på land . Den massive akvakultur er akvarium miljøer der alle aspekter av miljøet er kunstig manipulert til å oppmuntre rask vekst av fisken . Den store mengden av land er nødvendig for gårdene krever vanligvis fjerning av naturlig skog og vegetasjon og ødeleggelse av habitater for lokale dyrelivet . Oppdrettsanleggene ligger nær store vassdrag og hav miljøer og bønder syklus vannet gjennom gården og tilbake i havet . Det resirkulerte vannet har potensial til å spre sykdom til innfødte befolkninger .
Tap av gyteplasser
Fisk er oppdrettet for gleden av sportsfiskere i mange områder . Fisken er oppvokst i klekkeri og sluppet inn ville elver, innsjøer og hav miljøer med liberale drepe grenser . Ikke alle av fisken er høstet og mange vil infiltrere gyteplassene av innfødte fisk . Infiltrasjons fører til redusert kvalitet genet i vellykkede spawnere og en reduksjon i faren for villfisk reproduksjon. Problemet er spesielt tydelig i nordvest steelhead og laksebestander .
Forurensning
De store konsentrasjoner av fisk skaper en usunn mengde avføring og organisk produkt som er innført i miljø. Mange av gårdene bruker også kjemiske produkter for å rengjøre utstyret sitt . De introdusere kjemikalier i vannet som til slutt resirkulerer tilbake til miljøet .