Kommersiell fiskeoppdrett nå holder omtrent 40 prosent av sjømat forbrukt av forbrukere. Pelagisk fisk som laks og tun modnes i holdburer snarere enn det åpne havet. Kattfisk og tilapia på markedshyller kommer nesten alltid fra oppdrett snarere enn vill fiskebestander. Som fiskerier avtar, forsøker oppdrett å temme flere og flere arter av fisk og skjelldyr for å møte en voksende etterspørsel.
Kjøttærende fisk
Kanskje de mest omstridte fiskeoppdrettene holder laks og tun, begge kjøttærende arter som lever nær toppen av den naturlige fødekjeden. Vokst til modenhet i åpne holdburer i kystfarvann, må oppdrettsfisk fôres måltider som inkluderer fiskeprotein og olje fra andre villfangne arter. Omtrent 10 pund vill fisk produserer 1 pund oppdrettsfisk for bordet, plasserer fortsatt press på de naturlige fiskeriene. Problemer med sykdommer og parasitter mellom de tett pakkede stimene kan ha påvirket helsen til deres vill motparter, bidrar til en generell nedgang i disse fiskeriene.
Kattfisk
Levende i villmarken på en variert diet, tilpasser kattfisk seg til vegetabilsk protein fôr. Kanal kattfisk oppdrett i innlands dammer i Mississippi, Arkansas og andre stater i den amerikanske Deep South tolererer damforhold i et naturlig balansert miljø. De tette bestandene av kattfisk oppdrett dammer krever konstant justering av oksygnivå og vannkvalitet for å forhindre sykdommer og parasitinfeksjon.
Tilapia
Tilapiaoppdrett i Amerika holder tilapia—en heimhørende fra Midtøsten—i innendørs tanker snarere enn utendørs dammer for å minske sjansen for at denne fisken vil rømme. Hvis etablerte i villmarken, kan den produktive tilapia fortrenge mange heimhørende amerikanske arter. De fleste tilapiaoppdrett som leverer fisk til det amerikanske markedet ligger i Midt-Amerika.
Skjelldyr
Oppdrett som produserer østers, muslinger og blåmuslinger er avhengig av rent vann for å produsere skjelldyr for menneskelig forbruk. Fôring på plankton, skjelldyrene forbedrer faktisk vannforholdene snarere enn å bli en kilde til forurensning. Kunstige muslingebunker av sand gir enkel høsting uten skade på miljøet. Østers oppdrett på nett senket i kystfarvann har også ingen skadelig innvirkning.
Andre arter
Verdsalt, mange andre arter nå leder temmet liv. Karp har lenge vært et grunnleggende produkt av dammer i Asia og Europa. I USA, forsyner ørretoppdrett restauranter og dagligvarebutikker så vel som å gi innespærret sport for fiskere. Mange av Sørøst Asias mangroveskoger har blitt erstattet av midlertidige saltvann dammer langs kysten, hvor reker dyrkes i noen år inntil forholdene blir for forurenset.