* Hud: Huden er hjemsted for en rekke mikroorganismer, inkludert bakterier, sopp og virus. Disse mikrobene bidrar til å beskytte huden mot infeksjoner og skader, og de spiller også en rolle i å regulere hudens temperatur og fuktighetsnivå.
* Luftveier: Luftveiene er foret med slim, som fanger mikroorganismer og hindrer dem i å komme inn i lungene. Noen mikroorganismer kan imidlertid fortsatt komme forbi slimet og forårsake infeksjoner, som lungebetennelse og bronkitt.
* Fordøyelseskanalen: Fordøyelseskanalen er hjemsted for et stort antall mikroorganismer, inkludert bakterier, sopp og protozoer. Disse mikrobene hjelper til med å fordøye mat, absorbere næringsstoffer og produsere vitaminer. De spiller også en rolle i å beskytte fordøyelseskanalen mot infeksjon.
* Urogenitalkanalen: Urogenitalkanalen er hjemsted for en rekke mikroorganismer, inkludert bakterier, sopp og virus. Disse mikrobene kan forårsake infeksjoner, som urinveisinfeksjoner og seksuelt overførbare sykdommer.
* Blod: Blodet er normalt sterilt, men det kan bli infisert med mikroorganismer hvis det er brudd i huden eller hvis det utføres en medisinsk prosedyre.
Hos storfe:
* Vom: Vom er et stort, sekkelignende organ i kumagen. Det er hjemsted for en stor populasjon av mikroorganismer, inkludert bakterier, sopp og protozoer. Disse mikrobene bidrar til å bryte ned plantemateriale og omdanne det til næringsstoffer som kua kan ta opp.
* Retikulum: Netthinnen er et lite, honningkakelignende organ som ligger ved siden av vomma. Den inneholder også en stor populasjon av mikroorganismer, som bidrar til å bryte ned plantemateriale.
* Omasum: Omasum er et tredje magerom som er ansvarlig for å absorbere vann og næringsstoffer fra fordøyelsen. Den inneholder også en populasjon av mikroorganismer, men ikke så mange som vom og retikulum.
* Abomasum: Abomasum er den sanne magen til kua. Det skiller ut fordøyelsesenzymer som bryter ned proteiner og fett. Den inneholder ikke mange mikroorganismer.
* Tarmer: Tarmene er ansvarlige for å absorbere næringsstoffer fra fordøyelsen. De inneholder også en populasjon av mikroorganismer, som bidrar til å bryte ned næringsstoffer og produsere vitaminer.
* Avføring: Avføringen er avfallsproduktene fra fordøyelsen. De inneholder et stort antall mikroorganismer, inkludert bakterier, sopp og protozoer.