Selv om dyreetilpasning er essensiell for overlevelse, kan den også medføre ulemper:
Begrenset habitat-omfang: Spesialiserte tilpasninger knytter ofte et dyr til et spesifikt økosystem, noe som gjør overlevelse vanskelig hvis forholdene endres eller dyret forflyttes.
Rovdyr og forsvar kompromisser: Noen tilpasninger, som fargerik fargebruk brukt for parring, kan også gjøre dyr mer synlige for predatorer.
Ressurskonkurranse: Dyr med lignende tilpasninger kan konkurrere intensivt om mat, tilflukt og partnere, potensielt begrense populasjonsvekst.
Tap av tilpasningsevne: Meget spesialiserte arter kan streve med å utvikle nye trekk når de står overfor drastiske miljøendringer.
Sårbarhet for miljøendringer: Atferd som hivernasjon eller vandring kan bli skadelig hvis klimaet skifter raskt på grunn av menneskelig aktivitet eller naturlige årsaker.
Kostnad ved tilpasning: Utdypte visninger eller strukturer krever betydelig energi, som kan redusere levealder eller påvirke foreldreomsorg.
Parasitter og sykdommer: Visse defensive tilpasninger kan uavsiktlig gjøre dyr mer sårbare for bestemte parasitter eller sykdommer.
Til tross for disse ulempene, overveier fordelene ved tilpasning vanligvis ulempene i stabile miljøer.