Mississippi beheimater en rekke biomer:
- Tempererte løvskoger: Finnes i de nordlige og østlige delene av staten, med trær som ek, hickory, lønn og valnød som taper blad om vinteren.
- Furuskoger: Liggende i de sørlige og vestlige regioner, preget av langbladet furu, slash-furu og loblolly-furu med nåleformede blad.
- Våtmarker: Finnes over hele staten, inkludert sumper, myrer og moser med stående vann eller vannmettet jord.
- Enger: Forekommer i nordlige og vestlige områder, inkludert prærier og savanner dominert av gresser og urter.
- Kystlig slette: Langs Mexikogolfen, med lavtliggende land, sandjord, havre, dyner og palmetttrær.