- Body: Kompakt, med myk, fleksibel pels. Flaggermus er de eneste pattedyrene som er i stand til vedvarende flyging. Kroppene deres er designet for effektiv aerodynamikk, med lange, smale vinger festet til forelimbs.
- vinger: Tynne, delikate membraner av hud støttet av langstrakte fingerbein. Vingemembranen strekker seg mellom forelimbs og kroppen, og også mellom bakbenene og halen.
- Forelimbs: Langstrakt, med lange fingre som støtter vingemembranen. Tommelen er kort og kløvet, brukt til klatring og perching.
- Hindlimbs: Kortere enn forfalsene, med fem kløvede tær. Føttene er tilpasset for å hente og henge opp ned.
- hale: Varierer i lengde og form, men er vanligvis lang og fleksibel. Noen flaggermus har en halemembran, eller uropatagium, som hjelper til med å stabilisere kroppen under flyging.
- hode: Avrundede, med store, fremovervendte øyne. Flaggermus har også utmerket hørsel, med store, traktformede ører som hjelper til med å fange lyder.
- ører: Stor og traktformet, ofte med en tragus (en liten hudklaff) nær åpningen av øret. Ørene er dekket med fine hår, som hjelper til med å trakte lyder inn i øret.
- tenner: Skarpe, spisse tenner som er tilpasset for å fange og spise insekter. Flaggermus har også en spesialisert tanntilpasning kalt en tannkam, som brukes til å stelle pels.
- pels: Myk, tett og typisk brun eller svart i fargen. Noen flaggermusarter har særegne pelsmarkeringer, for eksempel striper eller flekker.
- størrelse: Flaggermus varierer veldig i størrelse, fra bittesmå arter som Bumblebee Bat (som bare veier noen få gram) til store arter som Flying Fox (som kan veie over 1 kilo).