1. Energitap: Når energi går opp i næringskjeden, går noe av den tapt som varme. Dette betyr at det er mindre energi tilgjengelig for organismer på høyere trofiske nivåer. Som et resultat er det færre organismer på hvert påfølgende trofiske nivå, og næringskjeden blir kortere.
2. Konkurranse: Organismer på hvert trofisk nivå konkurrerer med hverandre om ressurser som mat og plass. Denne konkurransen kan begrense antallet organismer som kan overleve på hvert trofisk nivå, og kan også føre til utryddelse av noen arter.
3. Predasjon: Organismer på høyere trofiske nivåer blir ofte tæret på av organismer på lavere trofiske nivåer. Dette kan begrense antallet organismer som kan nå høyere trofiske nivåer, og kan også føre til utryddelse av enkelte arter.
4. Miljøfaktorer: Miljøfaktorer som klimaendringer, forurensning og ødeleggelse av habitat kan alle påvirke lengden på næringskjedene. Disse faktorene kan forstyrre flyten av energi og næringsstoffer gjennom næringskjedene, og kan føre til utryddelse av enkelte arter.
Som et resultat av disse faktorene er næringskjedene vanligvis korte, med bare noen få trofiske nivåer. Dette betyr at det er relativt få organismer på toppen av næringskjeden, og at disse organismene ofte er sårbare for utryddelse.