Reptiler kommer fra den vitenskapelige klassen «Reptilia» som huser nesten 6 000 arter av kaldblodede ryggdyrreptiler. I vår moderne verden, er reptilene vi ser i dag splittet inn i fire grupper: krokodiler (alligatorer og krokodiller), skilpadder, tuataras og økser/slanger. Samlet strekker denne genetiske linjen seg omtrent 300 millioner år tilbake i tiden til et sett av opprinnelige forfedre som fylte nischen til våre moderne dags reptiler.
Labyrinthodontia
Forfedren som var forgjengeren for dagens moderne amfibier (klasse Amphibia), Labyrinthodontia er den tidligste store amfibiegruppen direkte knyttet til evolusjon av reptiler, noe som gjør dagens reptile amfibier --- krokodiller, skilpadder, akvatiske slanger --- levende og pusteende etterkommer av Labyrinthodonts. Labyrinthodonts fant utelukkende sted i Trias og Paleozoikum, noe som gjør dem til en av de eldre reptil forfedrene.
Cotylosaurs
Da reptiler gradvis forlot vannet for lengre tidsperioder inntil livene deres ikke lenger senterte rundt det, skilte en distinkt gruppe kjent som cotylosaurs seg fra amfibier. Cotylosaurs var fysisk lignende moderne økser og hadde tenner som nært lignet labyrintiske akvatiske kusiner. Cotylosaurs anses som de mest grunnleggende og gamle forfedrene for alle landlevende reptiler som skilpadder, landslanger og økser.
Synapsida, Anapsida og Diapsida
Grening fra landlevende cotylosaurs, viser synapsida fossiler lenker til dem som forfedrene til «pattedyr-lignende reptiler» som pelycosaurs og dimetrodons. Anapsids grenset av for å danne ulike landlevende varianter som pareiasaurs, millerettids og procolophenaids (moderne dags skilpadder). Alle andre moderne landlevende reptiler, som slanger og økser, kommer fra gruppen diapsida.
Moderne klassifisering
Etter millioner og atter millioner av reptile generasjoner, har fire moderne kategorier dukket opp. Dukket opp fra archosaur gruppen Pseudosuchia, tilhører dagens krokodiler --- alligatorer, krokodiller og caimans --- reptile orden Crocodilia. Etterkommer av Anapsida, skilpadder og skilpaddeser er medlemmer av orden Chelonia. Tuataras er klassifisert til orden Sphenodonta og økser/slanger er medlemmer av den moderne orden Squamata, noe som gjør både tuataras og økser/slanger til etterkommere av lepidosaurs.