Det finnes kun én art flodhest: Hippopotamus amphibius, ofte kalt den vanlige flodhesten eller bare flodhest.
Likevel finnes det to underarter:
- Hippopotamus amphibius amphibius: Forekommer i store deler av flodhestens utbredelsesområde i Afrika sør for Sahara.
- Hippopotamus amphibius kiboko: Forekommer primært i Vest-Afrika.
Det finnes også dvergflodhesten (Choeropsis liberiensis), som er en helt egen art og mye mindre. De finnes i skogene i Liberia og Sierra Leone.
Så, selv om det finnes ulike populasjoner og underarter, er det kun én sann art flodhest: Hippopotamus amphibius.