Imidlertid er det to underarter:
* flodhest Dette er de nominerte underartene og finnes gjennom det meste av Hippos rekkevidde i Afrika sør for Sahara.
* flodhest Denne underarten finnes vest for artsområdet, først og fremst i Vest -Afrika.
Det er viktig å merke seg at disse to underartene er veldig like, og forskjellene mellom dem er subtile. Noen hevder at de ikke er forskjellige underarter i det hele tatt, men snarere bestander innenfor en enkelt art.
Det er også en pygmy flodhest (Choeropsis liberiensis) , som er en egen art helt og mye mindre enn den vanlige flodhesten. De finnes i skogene i Liberia og Sierra Leone.
Så selv om det er forskjellige bestander og underarter av flodhester, er det bare en ekte art av flodhest: flodhest Amphibius.